通常、抵当権の抹消登記の申請方法は、抹消原因（弁済、解除等）が生じた後、所有者を登記権利者とし、抵当権者を登記義務者とする共同申請によって行います。
抹消登記申請の前に、抵当権者である会社が解散し、清算手続中の場合には、清算人が会社を代表することになるため、清算人との共同申請によって抹消登記を申請すれば足ります。
一方、当該会社の清算手続が既に完了し、清算結了の登記がなされた場合は、まず、清算結了の登記を錯誤で抹消し、当該会社を清算中の会社として復活させた上で、登記権利者である所有者と当該会社の清算人との間で抹消の登記原因に当たる法律行為等をし、抵当権の抹消登記を申請することになります。
しかし、登記実務では、一定の要件に該当する場合、登記経済上、上記「清算結了の登記の錯誤抹消」を省略することを認めています。
具体的には、抵当権者が清算結了した日より前の登記原因日付による登記の申請手続については、便宜上、清算結了の登記を錯誤で抹消することなく、清算結了の登記によって閉鎖された会社の登記事項にある清算人を相手に登記手続を求めれば足ります。
この場合において、抵当権抹消登記申請にあたり、清算会社の印鑑証明書の添付が要求されるケース（例；抵当権設定登記済証を提供できない等）では、清算結了した会社の印鑑証明書は発給されない扱いのため、便宜、清算人個人の印鑑証明書を添付すれば足りるとする通達があります。
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