登録免許税（規則189条1項前段）は、担保物権1件につき1,000円である（登録免許税法別表第1-1(8)）。
例えば、土地及び建物についてそれぞれ設定された2件の共同担保物権について順位変更をする場合、4,000円となる。
なお、登記申請人の一部が国又は非課税法人（登録免許税法別表第2）である場合、登録免許税法4条1項の規定は適用されず、登録免許税を納付しなければならない（1973年（昭和48年）10月31日民三8188号回答）が、申請人の全部が国又は非課税法人である場合、登録免許税法4条1項の規定が適用され、登録免許税を納付する必要はない（登記研究314-67頁参照）。
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