（根）抵当権設定登記については、原則として極度額の1,000分の4の登録免許税が課税されますが、日本政策金融公庫が根抵当権者となる場合には非課税になります。
登録免許税法第４条第２項が非課税の根拠条文となります。
ここでは別表３第１欄に記載の者（日本政策金融公庫も記載があります）が自己のために受ける第３欄に掲げる登記（抵当権・根抵当権設定も含まれます）は登録免許税を課さないとされていいます。例外的に、資本金等の額が政令で定める金額（５億円）以上の会社が日本政策金融公庫から借入のため抵当権の設定登記をする場合は除外（課税）されてしまいます。
非課税になるためには、次の「非課税証明書」を添付する必要があります。
①その抵当権又は根抵当権の設定登記の債務者が個人の場合
・債務者の住民票
・債務者の印鑑証明書
（有効期限６ヶ月です）
②その抵当権又は根抵当権の設定登記の債務者が会社などの法人の場合
・債務者である法人の登記簿謄本（資格証明書のような省略はできません。）
（有効期限１ヶ月です）
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