根抵当権者が元本を確定させる場合、次の方法があります。
①根抵当権者と設定者の合意
②他の債権者による根抵当不動産に対する競売申立や滞納処分による差押
③債務者・設定者の破産手続開始決定
④根抵当権者による元本確定請求
このうち、根抵当権者が直接関わる元本確定事由は、①と④にあります。
（④は近時の民法改正で新たに認められた確定事由）
具体的には、根抵当権の元本確定を請求する旨の文書を内容証明・配達証明郵便で設定者に送付しますが、この郵便が設定者に到達することによって元本確定の効力が生じます。
登記手続
根抵当権者の単独申請で、元本確定登記をすることになります。
根抵当権の元本が確定しても、登記実務上は「登記簿上元本の確定が明らか」とされる一定のケースを除き、先に元本確定の登記をしなければ、元本確定を前提としたその後の登記（代位弁済を原因とする根抵当権の移転登記等）ができません。
そして元本確定の登記には、その確定事由により、根抵当権者と設定者による共同申請が求められるものと、根抵当権者が単独申請できるものとがあります。
上記①の方法で元本を確定させた場合は、共同申請による登記となるため設定者の協力が必要ですが、②・③・④の事由で元本が確定した場合は、根抵当権者の単独申請で元本確定登記ができます。
特に、④の方法で元本を確定させた場合は、無条件で元本確定登記の単独申請が認められ、具体的には、登記申請に際し、確定請求をした内容証明郵便の控えと、配達証明書（はがき）を添付するだけで済みます。
なお、②・③の確定事由により元本確定した場合も、根抵当権者が単独で登記申請できますが、これらの場合は④と異なり、元本確定登記と一緒に「根抵当権またはこれを目的とする権利の取得の登記」の申請（例えば根抵当権の移転登記の申請）がなされることが条件とされていますので、元本確定登記だけの申請は受理されません。
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